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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
01/02/2018 |
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Data da última atualização: |
07/11/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
GEISTLINGER, L.; SILVA, V. H. da; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. C.; WALDRON, L.; ZIMMER, R.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L. L. |
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Afiliação: |
Ludwig Geistlinger, Bolsista/Embrapa Pecuária Sudeste; Vinicius Henrique da Silva, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Polyana Cristine Tizioto, ESALQ/USP; Levi Waldron, University of New York; Ralf Zimmer, Ludwig Maximilians Universität München; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP. |
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Título: |
Widespread modulation of gene expression by copy number variation in skeletal muscle. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Scientific Reports, v. 8, n. 1399, p. 1-11, jan. 2018. |
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DOI: |
10.1038/s41598-018-19782-4 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Copy number variation (CNV) is a frequently observed deviation from the diploid state due to duplication or deletion of genomic regions. Although intensively analyzed for association with diseases and production traits, the specific mechanisms and extent by which such variations affect the phenotype are incompletely understood. We present an integrative study on CNV and genome-wide gene expression in Brazilian Bos indicus cattle. We analyzed CNVs inferred from SNP-chip data for effects on gene expression measured with RNA-seq in skeletal muscle samples of 183 steers. Local effects, where expression changes coincided with CNVs in the respective genes, were restricted to immune genes. Distal effects were attributable to several high-impact CNVs that modulated remote expression in an orchestrated and intertwined fashion. These CNVs were located in the vicinity of major skeletal muscle pathway regulators and associated genes were enriched for proteolysis, autophagy, and muscle structure development. From association analysis between CNVs and several meat quality and production traits, we found CNV-associated expression effects to also manifest at the phenotype level. Based on genome sequences of the population founders, we further demonstrate that CNVs with impact on expression and phenotype are passed on from one generation to another. |
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Palavras-Chave: |
Agricultural genetics; Nellore cattle. |
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Thesaurus Nal: |
gene expression. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
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Cutter |
Registro |
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Status |
URL |
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| Registros recuperados : 9 | |
| 1. |  | BARBOSA, M. A. G.; SILVA, A. M. F.; TERAO, D.; CÂMARA, C. A. G. Ação dos extratos de Piper aduncum e Cymbopogon citratus sobre o crescimento micelial de fungos pós-colheita de manga. Fitopatologia Brasileira, v. 32, p. 150, ago. 2007. Suplemento, ref. 0201. Edição dos Resumos do XL Congresso Brasileiro de Fitopatologia; XL Annual Meeting of the Brazilian Phytopathological Society, Maringá, PR, ago. 2007| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 2. | | BARBOSA, M. A. G.; TERAO, D.; BATISTA, D. da C.; ANJOS, F. G. F.; CÂMARA, C. A. G. Ação inibidora de óleos essenciais sobre o crescimento micelial de Botrytis cinerea. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 33, p. S 110, ago. 2008. Suplemento. Ref. CAL-040. Edição dos Resumos do 41. Congresso Brasileiro de Fitopatologia, Belo Horizonte, ago. 2008.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 5. | | MELO, R. M. C. de A.; MELO FILHO, P. de A.; CÂMARA, M. P. S.; CÂMARA, C. A. G. da; ALBUQUERQUE, M. B. de; SANTOS, R. C. dos. Inibição do crescimento micelial de isolados de colletotrichum gossypii var. cephalosporioides com uso de óleo de cravo. In: CONGRESSO BRASILEIRO DO ALGODÃO, 7., 2009, Foz do Iguaçu. Sustentabilidade da cotonicultura brasileira e expansão dos mercados: anais. Campina Grande: Embrapa Algodão, 2009. 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 6. | | LIMA, W. G.; MELO FILHO, P. A.; CÂMARA, P. S.; SANTOS, R. C.; CÂMARA, C. A. G.; SILVA, A. M.; GARCIA, A. L.; BEZERRA, C. S. Efeito de óleos vegetais no controle de Colleototrichum gossypii var. cephalosporiodes. In: In: REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE CONTROLE BIOLÓGICO DE DOENÇAS DE PLANTAS, 9., 2007, Campinas.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 7. | | ESTEVÃO, L. R. de M.; MEDEIROS, J. P. de; SCOGNAMILLO-SZABÓ, M.V.R.; BARATELLA-EVÊNCIO, L.; GUIMARÃES, E. C.; CÂMARA, C. A. G. da; EVÊNCIO-NETO, J. Neoangiogênese de retalhos cutâneos em ratos tratados com óleo de copaíba. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 44, n. 4, p. 406-412, abr. 2009 Título em inglês: Neoangiogenesis of skin fl aps in rats treated with copaiba oil.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
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| 8. | | LIMA, W. G.; MELO FILHO, P. A.; CÂMARA, P. S.; SANTOS, R. C.; CÂMARA, C. A. G.; SILVA, A. M.; GARCIA, A. L. Uso do óleo de citronela no controle da Ramulose do algodoeiro. In: In: REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE CONTROLE BIOLÓGICO DE DOENÇAS DE PLANTAS, 9., 2007, Campinas.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| 9. | | ALBUQUERQUE, M. B. de; SANTOS, R. C. dos; LIMA, L. M. de; MELO FILHO, P. de A.; NOGUEIRA, R. J. M. C.; CÂMARA, C. A. G. da; RAMOS, A. de R. Allelopathy, an alternative tool to improve cropping systems. A review. Agronomy for sustainable development, v. 30, n. 2, apr./jun., 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Algodão. |
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| Registros recuperados : 9 | |
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